Die bisher behandelten Knochenfunde stammen aus dem Bereich der Haustiernutzung, wie sie aus vielen mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Fundzusammenhängen wohl bekannt ist. Neben diesen bekannten Dingen barg das Areal in der Stubengasse jedoch eine einzigartige Ansammlung von 15 Tierskeletten aus der Zeit um 1300. Insgesamt wurden elf Rinder, zwei Schweine, ein Hund und ein Pferd an dieser Stelle vergraben. Die Körper lagen in korrektem anatomischem Verband in dicht gedrängter Lage in den Gruben. Offensichtlich wollte man den Arbeitsaufwand beim Ausheben der Gruben möglichst gering halten und musste anschließend die Tierkörper hineinpressen. Das Vorliegen kompletter Körper ohne Schnitt- und Schlachtspuren weist die Skelette als die Überreste von Tieren aus, die man als nicht zum Verzehr geeignet erachtete und die hier verscharrt wurden. Auch das Fehlen von Hunde bissspuren spricht für ein schnelles Abdecken der Gruben.
Nur das Skelett einer zehn- bis elfjährigen Kuh wurde zumindest ursprünglich zu Ernährungszwecken zerteilt. Hackspuren am Brustbein und den Wirbeln zeugen von der Längsspaltung des Schlachtkörpers. Der rechte Rippen bogen lag wie umgeklappt neben dem Tier. Offenbar wurde der Körper dieser Kuh zuerst fachmännisch gespalten, danach jedoch aus unbekannten Gründen nicht zum Verzehr weiter verarbeitet, sondern in der Grube entsorgt. Ursache dafür kann ein äußerlich nicht erkennbarer Krankheitsbefall gewesen sein, z. B. Tuberkulose, Trichinen, Finnen, der eventuell in einer frühen Form der Fleischbeschau erkannt wurde.
Neben den ausgewachsenen Rindern, die vor dem Hintergrund der bekannten Milch- und Fleischzucht nicht überraschten, stieß man auf die Skelette von sechs Früh- oder Totgeburten im Alter zwischen 210 und 260 Trächtigkeitstagen. Da Rinder je nach Rasse eine Trächtigkeitsdauer von 280 bis 287 Tagen haben, waren diese Frühgeburten recht weit entwickelt. Ein Fruchttod kann aus verschiedenen Gründen und zu allen Zeitpunkten bis unmittelbar zum Geburtstermin eintreten. Frühgeburten erfolgen in der ersten Hälfte der Tragedauer im Allgemeinen ohne größere Beschwerden, in der zweiten Hälfte unter geburtsähnlichen Erscheinungen. Im günstigsten Fall sind die Frühgeburten ab einem Entwicklungsalter von 28 Wochen (196 Tage) lebensfähig. Selbst heute ist die Veterinärmedizin an der Erhaltung früh geborener Kälbchen in der Regel nicht interessiert, da diese erfahrungsgemäß in der Entwicklung zurückbleiben und nicht die volle Leistungsfähigkeit erreichen. Erfolgreich durch geführte Kaiserschnitte bei Tieren sind erst seit dem Anfang des 19. Jahrhundert überliefert.
Offenbar wurden die Früh- oder Totgeburten nicht als geeignete Fleischquelle angesehen. Dies deckt sich mit den Funden von Rinderfoeten aus Latrinengruben, wie sie aus Göttingen und Höxter aus dem 15. und 17. Jahrhundert bekannt sind. Das Verschmähen frühgeborener Kälber zu Nahrungszwecken ist auch durch Schriftquellen nach weisbar. Die Kontrolle der Metzgerzünfte verbot den Verkauf des Fleisches "unzeitiger Kälber", das heißt von unter vier Wochen alten Kälbern. Quellen aus dem 13. Jahrhundert nennen ein Mindestschlachtalter von drei Wochen, im 14. Jahrhundert werden vier bis zehn Wochen angesetzt. In einem Kochbuch des 16. Jahrhunderts wird zwar die Zartheit des Fleisches ungeborener Hirschkälber gelobt, gleichzeitig aber eingeräumt, dass die meisten Menschen ein derartiges Gericht aus Angst "sich den Tod zu fressen" wohl verschmähen würden. Heute wird das unreife, feuchte, schlaffe und graurot gefärbte Fleisch von Kälbern unter 14 Tagen als minder wertig, nicht aber als gesundheitsschädlich eingestuft. Allerdings werden auch im heutigen deutschen Fleischhygienerecht totgeborene oder ungeborene Tiere als Lebensmittel für den Menschen nicht in Betracht gezogen. Die Gründe dafür liegen im hygienisch-ethischen Bereich, vor allem aber wird das Fleisch aufgrund substanzieller Mängel als "untauglich" eingestuft.
Skelette von Ferkeln, Rinderfoeten, Hühnern oder Katzen finden sich öfter in Latrinengruben und Kloaken. Man konnte sich dieser kleinen Körper dort unauffällig entledigen. Nachweise der Entsorgung der größeren Tierarten sind dagegen selten, lediglich einzelne Skelettfunde werden gelegentlich innerhalb des mittelalterlichen Stadtgebietes geborgen. Mit der neuzeitlichen Richtstätte samt Wasenplatz in Emmenbrücke (Schweiz, Kanton Luzern) kennt man bisher nur einen einzigen archäologischen Nachweis eines außerhalb der Stadt gelegenen, großräumigen Schindangers, also eines speziellen Geländes, auf dem tote Tiere verscharrt wurden. Auf dem 1800m² großen, vom 16. bis 19. Jahrhundert benutzten Wasenplatz wurden 45 menschliche und etwa 600 tierische Skelette, hauptsächlich Pferde und Hunde, geborgen. Rinder und Schweine bilden nur einen kleinen Teil der dort entsorgten Tiere.
Schriftquellen überliefern, dass größere, nicht zum Verzehr geeignete Tiere auf den Schindangern außerhalb der Siedlungen vergraben werden sollten. So heißt es in den Satzungsbüchern des 14. Jahrhundert aus Nürnberg: "Unde swaz vihes stirbet, daz sol man füren zwene pogenschüzze für die auseresten zeune vor der stat und soll es da eingraben aines schuhes tif under die erde." Das Vergraben der Tiere auf dem Schindanger war häufig die Aufgabe des Scharfrichters, der auch für das Erschlagen und Entsorgen tollwütiger oder auch nur herrenloser Hunde zuständig war. So wurde z. B. in Trier 1557 ein besonderer Schindanger für die erschlagenen und verendeten Hunde, Katzen, Schweine und Pferde bestimmt.
Das Vergraben von Tierleichen außerhalb menschlicher Wohnbereiche wurde noch 1711 bei einem seuchenartigen Auftreten der Rinderpest in München als Maßnahme zur Verhütung der weiteren Ausbreitung der Krankheit angeordnet.
Die Skelette aus der Stubengasse fallen eindeutig in den Bereich der Tierkörperentsorgung. Zwar handelt es sich bei Rindern und Schweinen um die wichtigsten Fleischwirtschaftstiere des Mittelalters, dennoch kann der Verzehr ihres Fleisches aufgrund der Altersstruktur, des Vorliegens im Skelettverband und des Fehlens von Schlachtspuren ausgeschlossen werden. Die Ergänzung des Artenspektrums durch Hund und Pferd, zwei im Mittelalter in der Regel nicht verzehrte Tierarten, stützt diese Interpretation. Offenbar hat man das innerhalb der Stadtmauer gelegene Gelände nach der Aufgabe des ehemals darauf errichteten großen Gebäudes während einer kurzen Zeitspanne als Mülldeponie benutzt.